Město bylo pravděpodobně opuštěno postupně kolem poloviny 16. století v reakci na rozpad incké říše, občanskou válku a ničivé zavlečené epidemie. Území Inků zasáhla vlna evropských chorob, jako byly neštovice a spalničky. Tyto nemoci se šířily rychleji než samotní obyvatelé a zdecimovaly původní populaci ještě před příchodem Španělů.